そんなに新しくないものなんですが、ATOMプロセッサーD525搭載のマザーボードが安いです。ATOMなら消費電力も少ないので自宅サーバーなんかによいかと思います。Amazonで17%OFFの￥6,345（※2011/01/22時点の価格）

Intel M/B Essential mini-ITX DDR3-800 GMA3150 VGA
GbE LAN PCI x1 BOXD525MW

このボード自体にCPUもついてるのでかなり安いです。今はメモリも安いので2GBのメモリが2千円台前半で格安で作れちゃいます。2枚セットで4GBにするのも良いと思います。

もうちょっとデスクトップ向きなION搭載のものも、もうすこし高めであります。

SUSTek マザーボード
Intel Atom+ION/DDR3メモリ対応 Mini-ITX AT5IONT-I